Действие аниме «Последняя фантазия 7: Дети пришествия» происходит два года спустя , после произошедших событий игры Final Fantasy VII. Планета стала снова развиваться и постепенно превращалась в ту мирную планету, какой была до игры. Города отстраивались, индустрия восстанавливалась. Оставалось только вылечить жителей планеты, зараженных синдромом "Звездного шрама", появившейся в результате уничтожения метеорита.
Метеорит уничтожил главный герой аниме Клауд. Сейчас он живет один и комплексует из-за того что так много больных, хотя его вины в случившемся нет, ведь он спасал планету. У Клауда есть подруга Тифа Локхард, они вместе работают, их офис находится в баре, где также нашли приют больные дети, оставшиеся без родителей.
Однажды несколько детишек бесследно исчезли. Поступает информация, что неизвестные личности собирают бездомных детей для каких-то своих целей. Как узнали впоследствии, дети нужны для воскрешения «Матери».
Хотя Клауд и сам заражен болезнью Геостигма, но выбора у него снова нет. Он вместе с друзьями сражается с тремя призраками Сефирота – Язу, Лозом и Кадажем
В битве Клауд снова одерживать победу, после чего Сефирот вновь уходит в небытие, оборачиваясь в умирающего Кадажа. Клауд, пропавший в взрыве, устроенном Язу и Лозом, (где они и сами погибли), возвращается к жизни в церкви Айрис.